2月22日起，深圳港大鏟灣、媽灣和鹽田集裝箱港區設立水路集散分流點，全面開通“大鏟灣碼頭—香港現代貨箱碼頭(4—5小時)”“媽灣碼頭—屯門內河碼頭(2—3小時)”“鹽田國際碼頭—香港國際集裝箱碼頭(7—8小時)”定時定點駁船航線，碼頭內設置專用泊位，每日保證至少3000標箱處理能力，全力保障對港生活物資供應。后續深圳市交通運輸局將視需要逐步增加或調整船舶運力或班次，切實保障深港跨境貨物運輸供應鏈穩定。

此前已有多趟蔬菜、水果等生活物資運抵香港。21日5時，鹽田國際碼頭已組織4標箱供港蔬菜運往香港，共計約51噸，已于當日到達香港碼頭并經香港食安中心查驗后立即投放市場;21日18時30分，滿載200噸物資的駁船從深圳大鏟灣碼頭駛向香港，該批物資為供港蔬菜、水果、雞蛋等，共計26標箱;21日22時，媽灣碼頭港口駁船滿載52標箱生活物資駛往香港屯門內河碼頭，其中還包括香港居民網上采購的毛衣、睡褲、牙刷、拖鞋等生活日用品。

水路跨境運輸關鍵要解決時效問題。深圳海關采取“提前申報、抵港直裝、非侵入查驗”監管模式，引導供港企業提前申報、實現貨到自動分流;對于需要查驗的貨物采取優先檢查的方式，最大限度保障貨物及時裝運;對于無需查驗的貨物第一時間通知放行，實施“抵港直裝”，推進通關“零等待”“零延時”，實現供港鮮活商品“次晨達”。