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南科大優勢專業有：物理學、光電信息科學與工程、數學與應用數學、理論與應用力學、生物醫學工程。

南科大共獲批五個國家級一流本科專業建設點：

物理學、光電信息科學與工程、數學與應用數學、理論與應用力學、生物醫學工程;

八個省級一流本科專業建設點：

通信工程、材料科學與工程、環境科學與工程、微電子科學與工程、生物科學、計算機科學與技術、機械工程、化學。

一級學科點：

數學、物理學、化學、生物學、力學、地球物理學、電子科學與技術、材料科學與工程八個碩士學位授權一級學科點。

材料與化工、金融、電子信息、機械、資源與環境、生物與醫藥、臨床醫學七個碩士專業學位授權類別。